Для ответа на Ваш вопрос надо выяснить, кто виноват: mplayer, kmplayer или кто-то третий.
1) Пропадает ли звук при запуске mplayer из консоли?
2) Про alsaconf говорить не надо. Эта утилита устарела. Достаточно ли перед запуском kmplayer сделать (от root) alsactl store, а после kmplayer - alsactl restore?