Построить спектрограмму из двух переменных

asymptote - может подойдет? Язык программирования по сути, а-ля метапост, синтаксис похож на С++. На выходе - eps. По идее можно построить все что угодно.

gnuplot, PyXPlot

Если надо сделать красиво, для публикации в приличном журнале - то PAW. Если на качество наплевать - то R или даже gnuplot.