есть два уровня: флешка и файловая система. соответственно:
1. на флешке может быть переключатель на read-only / флешка имеет отдельный механизм для стирания-записи и для чтения
2. файловая система может использоваться в режиме read-only (mount -o ro) / файловая система не позволяет осуществлять запись - только с помощью других программ (iso9660, squashfs etc)