С микрофоном очень интересно повозиться;) У меня для управления голосом уровень микрофона стоит на половине. gnome-voice-controle аплет. Для Ekiga тоже. Очень удобно настраивать микрофон в ekiga. Опцию изменил, в alsamixer например, проверил сразу как работает. Mix Boost не забывай. Ещо могут помочь команды: arecord, aplay, alsamixer -V -all. Просто позвонить помогает старый магнитофонный микрофон.