Да. Линукс может повысить уровень сигнала на выходе выше оптимального значения. Уж не знаю, зачем. Можешь сам сравнить максимальную громкость на линуксе и на винде.
Кстати, из личного опыта: если звуковая карта интегрирована - шипит именно из-за особенностей оборудования. Многие не слышат, особенно на колонках, но он есть.
Выход - поставить нормальную (необязательно дорогую) звуковую карту.