Для начала почитать man iconv и попробовать поработать с ним в ручном режиме.
После чего открытие файла заменяешь на:
cat filename pipe iconv (синтаксис не помню, из кой8р в нужную тебе кодировку, читать состандартного ввода и писать в стандартный вывод) pipe "твое приложение"
Сохранение - аналогично, но кодировки в обратном порядке.