сам начинал с этой - Освой Самостоятельно Perl за 24 часа.pdf ну а далее:
Уолл Л., Кристиансен Т., Орвант Д. Программирование на Perl
Изучаем Perl_Кристиансен_OReilly.djvu
Perl_cookbook_Кристиансен_OReilly.djvu
Dominus M.J.Higher-order Perl.A guide to program transformation.2005.pdf - это очень интересная штука. Perl - специальный справочник (Холзнер).doc - тут много в одном месте. Попадается качественные примеры. А так от Ларри всё почитай для начала. Сейчас у себя посмотрел и немножко охренел. Даже есть такое Tisdall J.Mastering Perl for bioinformatics.2003.chm.