бесплатных не знаю, знаю платные - Partition Magic, Acronis Partition Expert. Я бы взял второе. Диск можно отформатить и во время установки, главное заранее место выделить.
Потому что задача, честно говоря, странная. Непонятно, кому и зачем нужен отдельно существующий раздел ext3. Тем более, что решить ее -- отформатировать из-под live-CD(DVD) или rescue-CD(DVD) -- проще пареной репы.
Знаю, что странная. Просто приобрёл новый винт и не хочу форматировать в ntfs, потому что через несколько дней буду ставить его на систему с линуксом, исключительно для данных. И на этот винт уже сейчас надо закинуть кучу информации, а компа с линуксом, кроме сервера, нет.