Вариат1: Прописывать значение прокси в ручную во всех приложениях, но не хотелось бы, так как компов много. И считать только то, что прошло через SQUID. Вариант2: Отдельно считать трафик по сквиду, и отдельно по iptables, а потом сводить их в одно при помощи отчетов.
Кто как делает, и если кивнете на то чем лучше собирать из iptables буду благодарен.