Вам нужен ffmpeg (или mencoder, но ffmpeg получше), собранный с поддержкой libamr-nb и libamr-wb. Соответственно оная поддержка должна быть и в mplayer/mencoder-е. Полагаю, что собирать ffmpeg (равно как и mplayer/mencoder) придётся Вам ручками из svn самостоятельно...
Да, с этими libamr какая-то грязная возня в смысле патентов, поэтому дистрибутивы обычно их отрубают (и они отрублены по умолчанию). Т.е. изображение конвертится без проблем, а для звука надо пересобирать. На этом месте я ужо матерился...