В никсах есть конвертор чего угодно во что угодно. Называется mencoder. Идет вместе с mplayer.
После установки делаем man mplayer и для начала нажимаем кнопочку End на клавиатуре - вконце есть парочка useful примеров. Затем просматриваем остальной ман в поисках того, что енам конкретно нужно.