Если есть пользовательский конфиг, зачем сорсить системный?
>> (дополнить строкой файл в конце) вместо > (перезаписать полностью файл).
Топикстартер на пять звёзд нафлудил, это должен знать. (=
Но да, стоило упомянуть для тех, кто нагуглит эту тему, они могут не знать базовых вещей в UNIX-like.
И автору надо бы проверить не запускается ли вместо vim какой-нибудь neovim.
Насколько я помню, NeoVim сорсит vimrc пользователя, если он есть, и нет nvimrc (и я этим пользовался). Но nvim-специфичных путей я уже не помню.
последствия необдуманного решения Брама включать/невключать новые «дефолтные настройки» в зависимости от существования пользовательского vimrc.
:h defaults.vim
Как отключить написано в :h skip_defaults_vim
*skip_defaults_vim*
If you use a system-wide vimrc and don't want defaults.vim to change settings,
set the "skip_defaults_vim" variable. If this was set and you want to load
defaults.vim from your .vimrc, first unlet skip_defaults_vim, as in the
example above.