нету в гноме и кде нормальной переключалки. Мягко говоря - странные люди их(эти переключалки) писали. Посему следует отрубить их(переключалки) к чертовой бабушке и пользоваться родной от xkb. А что у тебя там глючно - это одному тебе известно :)
Или пользуйся xruskb, kkb, ruskb - преключалки написанные специально под русскую раскладку с возможностью заюзать несколько раскладок, отключить на лету xkb, отслеживать состояние расмкладки для окон - но "родные" kde-gnome тоже не будут работать, если xkb вообще не настроен. Кстати, если настроен, то будут работать сносно - так что насторй X-ы.