sql возможные кодировки

https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/charset-mysql.html https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/charset-configuration.html

Если у тебя какая-нибудь хранимая процедура похапэ принимает на вход base64, перекодирует его и исполняет, то так тебе и надо

Подсовывают в sql запросы

Prepared statement

кодировки, base64 и тд

Неважны. См.предыдущий пункт.

Читай о том, как защитится от sql-инъекций. Выше написали про prepared statements. Кодировки не в тему.