Вопрос о кеше Transmission

Загляни хотя-бы ~/.config/transmission, ~/.cache/transmission, и сам поймешь.

Использует конечно, как минимум для конфигов

натрави на твой ссд монитор io активности. Тот же iostat, например. Вруби только трансмишн и посмотри пишет ли она на него.

# iostat 2 -p nvme0n1

Если директория для incomplete не на SSD, то никак существенно не использует. И не должно, и хорошо, только лишние копирования были бы.

Если хочешь, чтобы использовало, да ещё и с пользой а не с вредом, смотри в сторону bcache.

Нет. Есть небольшой кеш в памяти + механизм кеширования страниц от ОС.