initrd с проверкой фс

разархивируй initrd, вставь туда инструмент для проверки + либы необходимые, сделай в initrd в скрипте инит какую-нибудь проверку, типа если в параметрах загрузки есть переменная chkfs=true, то запускай проверку, ну и собери архив cpio заново со всем нужным

разархивировать так:

cpio -idmv < initrd-file

собрать архив зановов вот так

find ./ | cpio -H newc -o > /boot/new-initrd

кажется их еще перед разархивированием надо gzip -d сделать, а после сборки архива gzip -c initrd > initrd.gz

нужные либы можно определить так ldd tool_for_chk_fs