ассоциация расширения файла с запускаемой программой

Если в системе поведение отличается (в том же nautilus или thunar) - то настраивается в телеграме. Если поведение не отличается - то настраивается в системе.

Кликни по скаченной pdf’ке > открыть в… > выбирай нужное и установи галочку «использовать по умолчанию». Ну или в настройках системы > предпочитаемые приложения.

man xdg-mime

Что за ось-то хоть у тебя?

ассоциация расширения файла

Это потому что у тебя мц libmagic не использует. В кедах например ассоциация ставится не на расширение а на мим-тип.

Debian GNU/Linux bullseye/sid

интересно, посмотрим, спасибо