В https://github.com/gentoo-mirror/gentoo, откуда предполагалось синкать gentoo-репу через git, грохнули metadata/md5-cache. И заботливо добавили его в metadata/.gitignore. Т.е. теперь либо возвращаемся на rsync, либо после каждого git-sync надо юзать egencache, который даже на 16 ядрах 5 минут работает.