Использую Fedora. Отдельные уведомления падают не в трей уведомлений, а просто отображаются в левом верхнем углу, строчкой на черном фоне. После чего появился этот косяк припомнить не могу. Для большинства программ уведомления приходят как нужно.
notify-send отправляет в угол.