Из главного там CONFIG_USB_SUSPEND интересует, но и другие ACPI опции тоже могут быть важны, а перечислять их дольше чем пропарсить конфиг и порекомендовать что-либо
Так, как оказывается проблемы есть. USB то работает, то не работает.
Вот конфиг ядра: http://pastebin.com/RvxC7ddn.
dmesg:
[ 31.081881] usb usb1: root hub lost power or was reset
[ 31.081884] usb usb2: root hub lost power or was reset
[ 31.144806] sd 0:0:0:0: [sda] Starting disk
[ 31.186928] r8169 0000:01:00.0 enp1s0: link down
[ 31.233684] rtc_cmos 00:00: System wakeup disabled by ACPI
[ 31.401600] ata1: SATA link up 3.0 Gbps (SStatus 123 SControl 300)
[ 31.403310] ata1.00: configured for UDMA/133
[ 31.444895] usb 1-3: reset high-speed USB device number 2 using xhci_hcd
[ 31.768670] usb 1-4: reset full-speed USB device number 3 using xhci_hcd