У меня нотик старый, уже и так современные сайты еле-еле пережёвывает, боюсь что будет если фоном ещё и виртуалку запустить. Хороший вариант, конечно, с чрутом, но как-то не очень это с десктопом интегрированно.
В винде, говорят, всё хорошо с десктопом интегрированно. Может попробуешь поставить? Там даже консольки нет, дефолтная мышевозка. До чего прогресс дошёл! Тебе понравится, я думаю.
А если серьёзно, выключай паранойю. Запускать вайн в чруте - ещё понятно, но свои фантазии насчёт засирания системы не стоит распространять на всю проприетарщину. Тебе пользоваться или один раз потыкать, что для тебя важно наличие конфигов в пару сотен килобайт после удаления пакета? Я тебя, наверное, расстрою, но пакетные менеджеры как правило даже с опенсурс программами не справляются с такой непосильной задачей, как чистка системы.
В венде без консоли почти ничерта не сделать (и не сделать нормально вообще ничего), и это в 2016.
Лучше всего для подобного потенциального зловредного ПО выделить отдельный ПК с виртуалкой и удобным менеджером снапшотов. Иначе никак, придётся уделять слишком много внимания контролю за деятельностью неподконтрольных приложений.
Думаю всё ж чрут в какой-нибудь скрипт завернуть, чтобы автоматом всё за меня делал, видимо всё ж лучший вариант. Вообще думал, может в каком-нибудь десктопе нечто вроде контейнеров каких есть, вроде кдешных комнат, но чтобы были изолированны друг от друга и вообще от общей системы.