На гитхабе субмодули можно вместе с основной репой клонировать так:
git clone --recursive репа
git clone --recursive https://git.tasktools.org/scm/tm/task.git
Как клонировать с битбакета рекурсивно?
В блоге за 2011 год они говорят, что так и нужно как выше, но не работает:
git clone git://myawesomefeature/repo.git --recursive