По какому принципу идёт счет версий OpenSuse?

Версия 42.1 — следующая, после 13.2. Нумерация была изменена.

А с чем это связано, если не секрет?

Сам релиз так пронумерован потому, что такой номер был у разрабатываемой версии. А вот почему ей такой дали — не в курсе. Возможно потому, что openSUSE теперь базируется на наработках SLE.
А в целом — пофигу вообще. После нумерации Хромиума, Огнелиса и Системд уже ничего не удивляет. ))

Возможно, связано с тем, что кардинальные изменения уже не выходит выдавать. Ну, сравни: вышел OpenSuse 42, или вышел OpenSuse 13 - ожидаешь от них разного.

Потому, что у 42.1 некоторые системные компоненты имеют более старые версии, чем в 13.2, и это нужно было компенсировать номером версии дистрибутива

Они сложили все выпуски openSUSE и SUSE - вот и получилось 42. А складывали потому, что сейчас основная база пакетов именно из коммерческого SUSE