Как изменить опции установленного пакета?

Как можно изменить опции установленного ранее пакета через apt-get?

Никак.

Если удалить и собирать из исходников, то пипец сколько зависимостей нужно ставить

Посмотри в сторону apt-src, но не скажу на 100% есть-ли там аналог USE флагов.

Если устанавливать пакет из исходников, то можно указывать опции (./configure и указываем опции).

Эти опции в общем случае нельзя поменять после компиляции пакета. А apt-get install устанавливает уже скомпилированный пакет.

Если удалить и собирать из исходников, то пипец сколько зависимостей нужно ставить

Можно поставить их автоматически:

sudo apt-get build-dep пакет_который_надо_собирать

sudo dpkg-reconfigure пакет

установленного - никак. ты как себе это представляешь?

Можно. Сначала куришь это, затем это. Теперь берешь HEX-редактор и добавляешь нужной программе такие опции, какие надо. Если бы в gdb был ассемблер, то было бы проще.

Помогло sudo apt-get build-dep. Спасибо!