Стоял chromium-39.0.2171.42, обновил до 39.0.2171.62 но проблема осталась: не работает фокус мышки ни в GTK теме (менял разные, не влияет) самого интерфейса хромиума (например крестик закрыть вкладку, кнопка меню, пункты меню), ни в самом обозревателе: не изменяется курсор на ссылках и т.п.
Откатил x11-drivers/xf86-input-mouse до стабильного 1.9.0 - проблема не исчезла.
Тег гентоо поставил, может кто-то тоже страдает из.