Дублируются приложения в списке выбора приложений для открытия файлов...

Наугад — ~/.config/menus/

Вероятно, из-за указания в меню только лишь названия приложения происходит обозначение разных действий одним и тем же именем.

Например, для Banshee это могут быть варианты: воспроизвести, добавить в очередь и ещё какое-нибудь менее очевидное действие. Аналогично и для Vinagre.

Просто мейнтейнеры не озадачились должным образом прописать в соответствующих XML'ках названия действий для каждого из типов mime (типом mime может быть не только привязка расширения / сигнатуры файла к приложению, но и какие-либо действие).

не попали, мимо...в menus лежит папка «applications-merged» c пустым файликом под одноимённым названием :(

Реквестирую помощь, пацаны! Help! Кто чем может...

Кому пригодится, решение нашёл тут.