Если требуется работа с диском из-под винды: ext3 и драйвер ext2fsd. Почему ext3 — потому что вышеуказанный драйвер ext4 поддерживает не полностью (только на чтение).
Если же не требуется — ext4, потому что это стандартная линуксовая ФС общего профиля.
Если ты виндовоз, то тебе ничего делать не нужно, если линуксятник - стандарт де-факто: ext4, маколожцам комфортнее будет с exFAT. Совместимость со всеми системами обеспечат FAT и UDF.
Смотря какая основная система.....Хотя если диск переносной,то скорее всего он в 90% случаев будет втыкаться в винду.Тут соответственно нтфс . Не будешь же по друзьям и работам ходить и всем ставить ext2fsd.
На внешнем диске сделал два раздела - для хранения (ext4) и для работы с шин (ntfs). Второй раздел обозначил ровно таким, чтобы хватало на раз сходить к кому-нибудь и скопировать (~100G например), всё остальное на ext4.