Сам пробовал оба - остановившись на docarc. Более прост, чем eprints; небольшой объем кода; умеет генерировать bibTeX файлы; gui на шаблонах, достаточно легко модифицируются; интеграция с htDig...
Минус - gui заточен под "нормальные" браузеры (gecko-based) - так что "из коробки" - разве для "локальной" библиотеки