LINUX.ORG.RU

OpenMPI программы


0

3

Доброе время суток. Так случилось, что мне нужно запустить на кластере одну - две программы с поддержкой MPI. В инете удалось найти только John The Ripper и GROMACS. Сколько не пробовал запустить jtr - все безрезультатно. Либо ошибки при компиляции, либо компилируется нормально, но в параллельной среде работает не так, как хотелось бы. Скачал патченую версию JTR 1.7.3.1 с mpi по этой ссылке http://www.bindshell.net/tools/johntheripper/john-1.7.3.1-all-2-mpi8.tar.gz При выборе generic в качестве системы вылетает ошибка: ./bench: error while loading shared libraries: libmpi.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory make: *** [generic.h] Ошибка 1

whereis по libmpi.so выдает: libmpi: /usr/local/lib/libmpi.la /usr/local/lib/libmpi.so

Подскажите, как побороть данную ошибку. Очень надеюсь на вашу помощь. Заранее спасибо.

-----------------------------------------

UPD. добавил пути к библиотекам в переменные окружения и проблема пропала, однако появилась новая:

In file included from /usr/include/string.h:654:0, from charset.c:8: In function ‘strcpy’, inlined from ‘do_makechars’ at charset.c:382:9: /usr/include/bits/string3.h:104:3: error: call to __builtin___memcpy_chk will always overflow destination buffer

проявляется вне зависимости от выбранного типа системы.

In file included from /usr/include/string.h:654:0, from charset.c:8: In function ‘strcpy’, inlined from ‘do_makechars’ at charset.c:382:9: /usr/include/bits/string3.h:104:3: error: call to __builtin___memcpy_chk will always overflow destination buffer

Суть проблемы:

char version[4];

strcpy(version, "CHR1");

i-rinat ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от i-rinat

Спасибо, но я решил проблему немного иначе - скачал другую версию и накатил патч. Правда теперь проблема в другом: преподаватель говорит, что работу JTR и GROMACS описывал другой студент до меня и нужно запустить другую программу.

Не могли бы вы посоветовать какую-нибудь программу с поддержкой OpenMPI?

Alldestroy ()
Ответ на: комментарий от Alldestroy

Есть ORCA, программа для квантовомеханических расчётов. А на самом сайте OpenMPI нет списка проектов где он используется. Если проект академический, то с авторами можно сниматься, с большой вероятностью помогут. P.S. В своё время учавствовал в написании диплома с OpenMPI, но там все было достаточно примитивно, расчёт распространения электромагнитной волны в среде.

ZayaTCCC ()
Ответ на: комментарий от ZayaTCCC

Посмотрел я орку. Это все конечно хорошо, но винты на машинах в нашем универе не такие большие, как хотелось бы. Нет ли программы полегче?

Alldestroy ()
Ответ на: комментарий от Alldestroy

Хз... Посмотри из списка здесь: http://stackoverflow.com/questions/7474200/application-basedwhich-is-used-ope... После новогодних праздников могу узнать насчёт той проги, в написании которой принимал участие. Ещё вот примеры использования: http://people.sc.fsu.edu/~jburkardt/c_src/mpi/mpi

ZayaTCCC ()
Ответ на: комментарий от Alldestroy

Не могли бы вы посоветовать какую-нибудь программу с поддержкой OpenMPI?

$ apt-cache rdepends libopenmpi1.6
libopenmpi1.6
Reverse Depends:
  libhdf5-openmpi-7
  libopenmpi1.6:i386
  starpu-contrib-examples
  python-vtk
  libvtk5.8
  valgrind-mpi
  tessa-mpi
  starpu-examples
  openmpi-checkpoint
  openmpi-bin
  libopenmpi1.6-dbg
  libopenmpi-dev
  molds
  libmgl-mpi7.0.0
  libfreefem++
  freefem++
  libfeel++1
  feel++-apps
  elk-lapw
  libdolfin1.2
  code-saturne-bin
  coop-computing-tools
  libopenmpi1.6:i386
  starpu-contrib-examples
  parmetis-test
  libparmetis3.1
  clustalw-mpi
  abyss
  zalign
  yorick-mpy-openmpi
  libxdmf2
  python-vtk
  libvtk5.8
  valgrind-mpi
  tree-ppuzzle
  starpu-examples
  libspooles2.2
  libslepc3.4.2
  libsiloh5-0
  scotch
  ptscotch
  libscotch-5.1
  libptscotch-5.1
  scalasca
  scalapack-mpi-test
  libscalapack-mpi1
  salome-kernel
  r-cran-rmpi
  rheolef
  librheolef1
  regina-normal-mpi
  ray
  openmpipython
  prime-phylo
  libpetsc3.4.2-dbg
  libpetsc3.4.2
  paraview
  otf-trace
  openmx
  openmpi-checkpoint
  openmpi-bin
  libopenmpi1.6-dbg
  libopenmpi-dev
  octave-mpi
  oasis3-examples
  oasis3
  liboasis3-0d
  nwchem
  ns3
  libns3-3
  netpipe-openmpi
  music-bin
  libmusic1
  mumps-test
  libmumps-ptscotch-4.10.0
  libmumps-4.10.0
  libmrmpi1
  mrbayes-mpi
  mpqc-support
  mpqc
  libsc7
  libsc-dev
  python3-mpi4py
  python-mpi4py
  mpb-mpi
  meep-openmpi
  libmeep-openmpi6
  meep-mpi-default
  libmeep-mpi-default6
  libmedimport0
  libmedc1
  libmed1
  libmed-tools
  liggghts
  libliggghts2
  libgpiv-mpi3
  lammps
  libhypre-2.8.0b
  hpcc
  libhdf5-openmpi-7
  gromacs-openmpi
  gpivtools-mpi
  gpiv-mpi
  libgmsh2
  gmsh
  getdp-sparskit
  getdp
  libfftw3-mpi3
  sfftw2
  fftw2
  esys-particle
  quantum-espresso
  elk-lapw
  libdune-grid-2.2.1
  cp2k
  coinor-libipopt1
  code-saturne-bin
  libboost-mpi1.54.0
  libboost-mpi-python1.54.0
  libboost-graph-parallel1.54.0
  libboost-mpi1.53.0
  libboost-mpi-python1.53.0
  libboost-graph-parallel1.53.0
  libboost-mpi1.49.0
  libboost-mpi-python1.49.0
  libboost-graph-parallel1.49.0
  libblacs-mpi1
  blacs-mpi-test
  libparpack2
  ampliconnoise
  libadios-bin
  aces3
i-rinat ★★★★★ ()

Эрланг? Кто сказал Эрланг?

anonymous ()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.