Посоветуйте программу для сравнения

http://meldmerge.org/

meld

Очень тормозной.

Лучшим по соотношению фичи/скорость из гуёвых является kdiff3 (можно kdiff3-qt чтобы kde не тянуть). Тормозит только если очень длинные строки (типа логи JSON запросов).

kdiff какой-нибудь, не?

зы ну, выше уже написали. пользуюсь kdiff'ом, вполне доволен.

http://www.sourcegear.com/diffmerge/

И оно умеет работать с git в обоих режимах?

http://adventuresincoding.com/2010/04/how-to-setup-git-to-use-diffmerge/

Да, уже нашёл. Спасибо.