Все что можно нарисовать в гнуплоте - нужно рисовать в гнуплоте. Все что нельзя нарисовать в гнуплоте (типа всяких хитрых 3d картинок с трассировкой и вохелями) рисуешь сам через imagemagik (есть какая то сишная либа) в gif файл.
Всякая возня с форточками ИМНО нездорова - задача по построению с-но графика будет заслонена задачами по развешиванию баттнов, баров, насилованию канваса - и человек в итоге будет потерян для науки))))
Рисовать все надо в R (http://www.r-project.org/) Рисует гораздо лучше гнуплота (хотя 3D-графики немного нехотя), да и сам по себе язык красивый и функциональный. Если изучать новый продукт, то уж лучше R. Увидишь, он много где еще потом сгодится...