Все что я знаю на данный момент: Doxygen и qDoc.
Про Doxygen почитал, но так и не разобрался, можно ли самостоятельно разбить документацию на разделы (Doxygen просто придерживается структуры кода). Если можно, я очень буду рад примерам =)
С qDoc пока не особо разбирался, не могу найти примеров, кроме как документации к Qt.
Если есть еще что-то то прошу поделиться названиями =)