Проблема с noweb.el.

Главная же проблема в том, что он превращает минибуфер в latex-mode, а как следствие невозможно сделать M-x … .

Но в latex-mode можно нажать M-x O_o, я только что проверил.

В LaTeX-mode можно. Но вот в noweb-mode нельзя.
При том если я в коде поменяю doc-mode на yatex-mode,
то M-x работает более предсказуемо, нежели чем с latex-mode.
Вообщем, косяк какой-то с mmm-mode подозреваю.

он парсит LaTeX-код и даже раскрашивает его, но только когда курсор на этом коде находится

Да это же mmm. Во избежание конфликтов невозможно врубить два мажорных мода сразу. Так что надо делать либо переключалку между двумя синтаксисами (а WEB системы они все имеют как минимум два абсолютно разных синтаксиса: для документации и для кода), либо создавать с нуля режим, который поддерживает оба синтаксиса сразу.

Соответственно второй вариант никто не использует.

Главная же проблема в том, что он превращает минибуфер в latex-mode

Я ничего не понял. Исчезает минибуфер и остаётся только mode line? В любом случае у меня, правда с более старыми версиями и емакса и noweb.el, всё работает корректно.

Не исчезает, но при нажатии M-x появляется это M-x но как редактируемый текст и команда не выполняется набираемая.

Я пытался, но так и не смог настроить noweb-mode. Как и mmm-mode так, чтобы они дружили. Vim без проблем подсвечивает latex и указанный ЯП.
http://www.mad-computer-scientist.com/blog/2010/04/01/noweb-vim/
http://h0rr0rr-drag0n.blogspot.com/2010/10/vim.html
Сейчас постепенно перехожу на emacs, думаю, как буду писать noweb файлы... Может, забить на noweb-mode и оставить только mmm-mode?

Попробую funnelweb тогда.

Сайт не обновлялся с 1999...
Интересно, что сейчас используют?

*что сейчас популярно

Что-то этот funnelweb — жуть какой страшный со всеми этими @<M@>=={@-<@Function@>@}

Нашёл noweb-outline
Пока оно хотя бы не мешается.

Для не страшного «грамотного программирования» есть org-mode:
http://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/intro.html#literate-programming

парсит LaTeX-код и даже раскрашивает его,

В этом и проблема: в исходнике может встретиться открывающий символ строки.