Подскажите как сделать точное сравнение двух каталогов

cvv

не сравниваются моды доступа

что это?

Чтобы сравнить основные атрибуты файлов:

find "$DIR1" | sort | xargs stat > dir1stat
find "$DIR2" | sort | xargs stat > dir2stat
diff dir{1,2}stat

Аналогично можно сделать вместо stat ещё lsattr, lsacl и т.п. для сравнения остального.

Само содержимое файлов же сравнивать diff'ом или md5sum, но не пускать их к девайсам, пайпам и сокетам.

пермишены

ну как вам уже сказали - stat. Добавлю, что там есть формат вывода. Попробуйте stat --printf=«%a\n»

да, есть смысл сначала слить списки, потом отсортировать по имени, потом uniq -u.

с rsync можно попробовать