программирование для ipaq

Хм. ... Может вопрос не понял конечно.
Напрямую писать нельзя так как разные ОС, разные системные вызовы.
Вернее писать можно но компилировать и отлаживать нет.
Нужны кросплатформенные стедства разработки. 
Обычно это IDE со встроенным компилятором + отладчик
 работающая под той или иной ОС для разработки под целевую ОС.
Думаю что таких средств под Linux нет. Так как это спец. средства
обычно выпускающиеся производителем целевой ОС.
Например под OS-9 есть IDE для Windows. :(
Не думаю что Microsoft сделает для Linux что-то.
но Linux-ойды умные ребята. И они не стали ничего ждать и просить.
Под Linux есть эмуляторы и есть виртуальная машина VMWare.
Ставите эти штуки под Linux а под ними запускаете 
свою Windows. Главное чтоб Linux видел все железо к которому 
будет доступ из Windows под VMware.  
Под VMware крутятся не только Windows но и Linux, FreeBSD, QNX, ... :) 
VMware есть и под Windows, но я ставил ее только под Linux.