Ну надо вычитывать stderr. К сожалению простого способа это делать нет, надо или пускать отдельный тред, или склеить stderr и stdout через processBuilder.redirectErrorStream(true);
А такой еще вопрос: сюрприз будет когда выполняемая команда начнет писать в stderr?
Я же просто cat выполняю - если файла нету, он просто напишет, что No such file or directory и закончит работу. Если файл есть, то будет писать в stdout. Как он может в stderr 8КБ отдать?