Года два назад phonon этого не умел. Если судить по наличию эквалайзера в Amarok 2 сейчас, то очевидно phonon наконец этому научили (при поддержке этой функциональности бекэндом ессна). Потому если хочешь сделать эквалайзер с помощью фонона - посмотри исходники amarok2, если же хочешь разобраться как это вообще работает - читай лучше исходники qmmp, а так же погугли в сторону БПФ.