Можно ли в гтк получить координаты окна относительно первого виртуального десктопа?? gtk_window_get_position дает координаты относительно левого верхнего угла монитора, или может эти штуку в ВМ (фв) настроить??
Потом придется изучать Xlib, потому что в самом gdk таких функций нет по причине платформонезависимости.
Есть в Gnome такая библиотека - libwnck, можно посмотреть ее. Там скорее всего нет того, что нужно, но есть очень похожие вещи. Там можно посмотреть примеры того, как опрашивать wm и так далее.