А если серьезно, то все зависит от конкретного приложения, от сложности файла конфигурации. Может имеет смысл использовать s-expr (как в Лиспе), или же что-то типа elk, или librep, или же в случае патологической нелюбви к Лиспу, встроить в программу Tcl.