разбор регулярками PCRE (Perl-style)

Может проще это автоматами разобрать? (man flex)

ну регекспами как-то красивше и лаконичнее получается, собственно они на автоматах вроде и работают, просто кривой нечитабельный велик не хочется делать.

Напиши комбинаторный парсер по аналогии с http://ru.wikibooks.org/wiki/%D0%A4%D1%83%D0%BD%D0%BA%D1%86%D0%B8%D0%BE%D0%BD...

Регулярных выражений не хватит, чтобы пропарсить скобки произвольной вложенности. Делай КС-грамматику и парсер из неё, или просто руками напиши, это будет проще.

> Регулярных выражений не хватит, чтобы пропарсить скобки произвольной вложенности.

Но их более чем достаточно для разделения такого выражения на лексемы.

> но затруднение в том, что я не могу заставить его игноировать | внутри скобок

И не надо. После регекспа можно поставить цикл (ну, КА, который в данном случае будет очень простым) для анализа скобок и склеивания назад лишних разрезов.

Для таких задач prolog подходит хорошо

$str = "A=B&A=(F|D)|G=J";

@str = ( );
$parlevel = 0;
$curpiece = undef;
foreach $token (split(/([()&|])/, $str)) {
	if($token eq '(') {
		$parlevel++;
		$curpiece .= $token;
	} elsif($token eq ')') {
		$parlevel--;
		$curpiece .= $token;
	} elsif(($token eq '&' || $token eq '|') && !$parlevel) {
		if(defined($curpiece)) {
			push(@str, $curpiece);
			undef $curpiece;
		}
		push(@str, $token);
	} else {
		$curpiece .= $token;
	}
}
push(@str, $curpiece) if defined $curpiece;

print join(", ", map("\"$_\"", @str));
print "\n";

интересно, спасибо

Скобки вложенные? Если да - то это не регулярная грамматика; PCRE 
такое, вообще говоря, парсят, но медленно и странно. Используй 
генератор парсеров какой-нибудь, либо делай лексинг регекспами, а потом
склеивай обратно тупейшим стековым парсером.

Если скобки бывают только одни - то как-то так:

$ echo 'A=B&A=(F|D)|G=J' | perl -ne 'chomp; print "$_\n" foreach /(?:^|[|&])(\w+=(?:\([^)]+\)|[^(][^|&]*))/g;'
A=B
A=(F|D)
G=J

я подумываю об том чтобы сделать со вложенными, но убрать неоднозначные конструкции вроде A=(F|D)