Подскажите, как я могу открыть файл, находящийся в jar-архиве, из которого запущена программа? Хочу хранить там некоторые дефолтные настройки (перезаписывать файл не нужно).
ну если твой файл с ресурсами лежит рядом с каким-нидь классом, то из него можно сделать, например:
JasperDesign jasperDesign = (JasperDesign) JRXmlLoader.load(new File(getClass().getResource("faktura.jrxml").toURI()));
но это грязная практика. В любом случае рой в сторону ресурсов и класслоудера.