Не разберусь никак, что нужно сделать, чтобы в Makefile.am добавлялся параметр "-lboost_threads" (или "-lboost_threads-gcc-mt" в cygwin).
В configure.ac имею:
AC_CHECK_LIB(boost_thread, main)
AC_CHECK_HEADERS([/usr/include/boost/thread/thread.hpp /usr/include/boost/bind.hpp])