Какая между ними принципиальная разница ? Что больше для чего подходит. Просто я так понял ноги все растут оттуда же. И ещё вопрос как sun studio усугубить на deb-like систему.
Для Eclipse есть QT Integration + он вроде бы побыстрее ворочается. У Netbeans лучше дела обстоят с SVN(В эклипсе оно отвратно реализовано) и RUBY/JRUBY.
Сетевые бобы рулят. Даже я смог их освоить ;) Главное иметь много памяти и выход в инет, чтобы читать описание классов жабы. Но вроде там плагинчик вышел ,можно и С++ редактировать.