Прозрачные окна

Попробуй проштудировать сорсы, например, xfce, там есть поддержка прозрачности. В том же Terminal есть прозрачность, так что думаю понять как все это работает не составит особого труда :)

Меня инетересует, зависит ли сам способ от конкретного оконного менеджера или нет (если используется X Render и X Composite, может, достаточно вызова какой-либо функции).

Можно даже поставить вопрос так: как узнать, прозрачно ли конкретное окно?

Есть хинт _NET_WM_OPACITY, понимаемый многими WM, который устанавливает прозрачность всего окна. Можно же (см. например urxvt или vte) просто нарисовать срествами XRender visual с alpha-каналом (см. например структуру XRenderColor), который WM и Composite Manager отобразят соответственно прозрачным.