Запихать на сохранение файла может быть вполне полезным. Да и автосохранение работает.
Еще можно посмотреть в сторону run-with-idle-timer или run-at-time, т. е. по таймеру выполнять (eshell-command (format "find %s ...blah-blah... | etags -" directory-name)).
можно использовать gtags она может быть запущена с флагом -u для инкременталального апдейта может искать символы для использования в емаксе есть xgtags.el