gnu make никто не оменяет, cmake в итоге строит Makefile. Я вот в последнее время для сборок использую scons, впечатления положительные, для пиповых проектов все уже в него заложено, чего не хватает дописываю сам, расширяется легко, по сути мейк файл для scons это питон программа со всеми вытекающими. Больше всего порадовало что scons даже секет зависимости от ключей компиляции.
CMake показался сырым и неудобным. Документации (по сравнению с autotools) кот наплакал. А вот его переносимость для винды это конечно же несравненный плюс.
пользоватся и scons и cmake. Для большИх структурированых задач cmake имхо удобнее. Достаточно просто делаются свои обертки. Синтаксис, конечно, немного жуткий, но получше чем в autohell
в scons не очень просто реализовать аналог autoconf, но и свои плюсы у него есть (на питоне в принципе можно систему сборки любой сложности написать)