Возможен ли deploy через скрипты php?

Да, можно. Но не нужно. Есть тонны утилит для подобной автоматизации

Какие?

Не безопасно ли это

Надеюсь, что опасно, как ты хотел.

А как сделать неопасно, как я не хочу?

Только руками. Твоя проблема в том, что крон может внезапно скопировать «новую версию» в момент когда ты её редактируешь, т.е. она не работоспособна.

Выход - очевидный git очевиден. Можно хук прикрутить, чтобы автоматом вытаскивало в рабочую директорию последнюю версию какой-либо ветки при пуше в неё. В идеале, конечно, прикрутить полноценный CI/CD вместо костылей.

Я думал чтобы скрипт крона проверял какую версию ему брать и нужно ли делать апдэйт.

Как варианты - Ansible, chef

php скрипт от не php ничем и не отличается, в общем то. Поэтому можно. Но опасно, но не потому, что php, а потому что скрипт будет сырой и не проверенный. Поэтому сам решай. Тебе ниже советовали уже готовые решения. Может, они подойдут.

Всем спасибо