Хорошо написанное на phonegap приложение для пользователя не будет отличаться от нативного.

Все мобильные приложения, основанные на веб-технологиях, которые я встречал - тормозили. Возможно, они были плохо написаны, но тем не менее. Сделайте прототип, да сравните.

Не видел производительных вебаппов никогда. Ну то есть как.. Если апп состоит из кнопочек и веб-бекенда и все то норм, а если имеет какую-нибудь логику то все плохо.

Тормозили как? Если не сложно, то по подробней)

Вся логика будет состоять из добавления и удаления данных, и создания не сложных графиков.

Делать прототип я в любом случае буду, просто хочу узнать все минусы с которыми могу столкнуться.

Минусы - это javascript. Это очень большой и жирный минус.

По крайней мере, для меня.

Я ни разу не видел javascript-код, который я бы хотел дописывать или поддерживать. Оно всегда превращается в жуткое месиво из костылей, с которым фиг разберешься.

Но может быть, просто я не особо хорошо его знаю, допускаю такую возможность.

javascript это минус разраба, а меня интересуют минусы для пользователя.

Будет. Начинается все с хромиум обертки занимающая овер 50 мегабайт на хелловорлд и заканчивая индуским оверхедом подключаемых javascript сырцов. Из-за чего и так обделенная перформансом мобилка, начинает жутко тормозить ворочая эти мегабайты скриптоты без каких-либо JIT оптимизаций.

Если хочешь не тормозное веб-приложение - делай как я, пиши собственный фреймворк для WebView и большую часть имплементации выноси на Java, оставляя на JavaScript только UI.

Такой подход будет простым, если делаешь под Android 4.4 и выше. И будет напряжно, если нужно охватить старые версии.

React Native

React native и будет счастье.