можно ли иметь в программе несколько экземпляров разделяемых библиотек tcl?

в теории можно. хотя организовать несколько экземпляров на процессах будет, скорее всего, проще

Через стандартный лоадер подгрузить сможешь, а пользоваться навряд ли, получишь какое-нибудь UB. Кол-во потоков на это никак не влияет.

Tcl Threading Model

Спасибо. Наверное, можно попробовать копать в сторону нескольких интерпретаторов в одном треде. А можно и так оставить.