На самом десктопе нарисовать трудно. Для этого наутилус нужно править в гноме, в других средах тоже нужно исправлять программу, отрисовывающую рабочий стол.
Вместо этого лучше создать окно без рамки с прозрачными границами и рисовать в нем. Примеры - xosd, gnome-osd. Делается с помощью расширения XShape.
Это смотря с каким WM пользуется гном? Metacity к примеру вообще никому ничего не дает рисовать на рутовом окне ни при каких обстоятельства. Дурило такое... Посему некоторое время назад с него слез. ;)